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東京医科歯科大学、藤田紘一郎名誉教授のコメントきん
皮膚の表面には、10種類程度の常在菌がいて、酸性の膜を作っている。それは皮膚を守るバリアーなのだが、石けんで洗うことで常在菌の９割が取れてしまう。若い人でも、常在菌が元に戻るまで12時間かかる。

愛知県安城市、いそべクリニックの磯邉善成院長のコメント
もともと、日本人には全身をゴシゴシと洗う習慣はなかった。それが、高度経済成長を経て、過剰に洗うようになった。アトピー性皮膚炎が急増した時期と一致する
皮膚の常在菌は、長い時間をかけて育てられた、皮膚を守るための共生システム。それを壊していいはずがない

という見解もあるようです。
とはいえ、おそらく90％以上の人達が、当然石鹸、ｼｬﾝﾌﾟｰなどを使用して洗っていますよね。

風邪の予防に手洗いうがい。キレイキレイを使って除菌してうがい薬も使ったり。良い皮膚常在菌も取れてしまったとしても
その方が清潔のはずだと思いますよね。

頭皮もｼｬﾝﾌﾟｰ剤を良く泡立て隅々まで毛穴の汚れも揉みだすように洗った方が　匂いもとれさっぱりですよね。
美容室でも、もちろんシャンプーのメニューはありますし
ｼｬﾝﾌﾟｰ剤を使用して洗います。

その一方で、腸内環境を良くする為にヨーグルトを食べ腸内に常在菌のビフィズス菌や乳酸菌を増やす事をする人も多くいます。

悪玉菌のピロリ菌の対策で乳酸菌（LG21）も話題ですし。

今回は体内の事はおいておいたとして、皮膚、頭皮に対しての考え方でもどちらが好ましいのか一概に言えなさそうですね・・・